খেলা ছেড়ে দিলেও ফুটবল ছাড়েননি মো. মানোয়ার হোসেন। বরং ফুটবলের সঙ্গে আর ব্যাপকভাবে জড়িয়ে থাকতে চান তিনি। নিজেকে নিয়োজিত করতে চান ফুটবলার তৈরীতে। তাইতো কোচের পেশাই বেছে নিয়েছে জাতীয় দলের সাবেক এ মিডফিল্ডার। ইতিমধ্যে তিনি USA Soccer Federation এর অধীনে সি লাইসেন্স করার জন্য মনোনীত হয়েছেন। কিছু দিনের্ মধ্যেই তিনি যাচ্ছেন যুক্তরাষ্ট্র।
মনোয়ার হোসেন ১৯৯৮ সাল থেকে ২০০৬ সাল পর্যন্ত জাতীয় দলের নিয়মিত খেলোয়াড় ছিলেন। কোন বয়স ভিত্তিক আন্তর্জাতিক ম্যাচ না খেলে জাতীয় ফুটবল দলের নিয়মিত একাদশে জায়গা করে নয়া বংলাদেশের সর্বকনিষ্ঠ ফুটবলার তিনি। পরবর্তীতে সে অনুর্ধ্ব-১৬, অনুর্ধ্ব-১৯ এবং নবম সাফ গেমস এর অধিনায়ক হিসাবে দায়িত্ব পালন করেন এবং নবম সাফ গেমসের উদ্বোধনী অনুষ্ঠানে বাংলাদেশ দলের জাতীয় পতাকা বহন করেন।

১৯৯৯ সালে অষ্টম সাফ গেমস চ্যাম্পিয়ন, ২০০৩ সালে তৃতীয় সাফ ফুটবল চ্যাম্পিয়ন, ২০০২-২০০৩ সালে ভূটানের জিগমে দর্জি মেমোরিয়াল গোল্ডকাপ চ্যাম্পিয়ান এবং ১৯৯৯ সালে দ্বিতীয় সাফ ফুটবলে রানার্সআপ দলের সদস্য ছিলেন তিনি। মনোয়ার হোসেন ঘরোয়া ফুটবলে মোহামেডান, ব্রাদার্স, শেখ রাসেল ক্রীড়া চক্র, মুক্তিযোদ্ধা সংসদ ক্রীড়া চক্র, বাড্ডা জাগরণী এবং ইয়ংমেন্স ক্লাবে খেলেছেন।

মনোয়ার এএফসি‘সি’লাইসেন্স সার্টিফিকেট কোর্স ২০১২ সম্পন্ন করে প্লেজ হারবার ইন্টারন্যাশনাল স্কুল এন্ড স্পোর্টস একাডেমীতে ফুটবলে হেড কোচের দায়িত্ব পালন করেন। এর পর ২০১৫ সালে আরামবাগ ক্রীড়া সংঘের দায়িত্ব নেন। তার অধীনেই আরামবাগ ক্লাব সিনিয়র ডিভিশন থেকে পেশাদার লিগে উন্নিত হয়। সে আরামবাগ ক্লাব থেকে ‘বেষ্ট কোচ’ এবং বাংলাদেশ ফুটবল ফেডারেশন থেকে ‘বেষ্ট ইয়াং প্রমিজিন কোচ অফ দ্য ইয়ার’অ্যাওয়ার্ড লাভ করেন। মনোয়ার আগষ্ট ২০১৪ থেকে Special Olympics Bangladesh এ কোচ হিসেবে কাজ করছেন। এছাড়া ও ২০১৪ সালে জানুয়ারী থেকে ব্র্যান্ড অ্যাম্বাসেডর হিসেবে National Centre for Special Education এর অধীনে Autism and Disable শিশুদের জন্য চ্যারিটি কাজ করে যাচ্ছেন।